Dans la fonction publique, le jour de carence désigne une période non rémunérée qui s’applique en cas d’arrêt maladie. Il s’agit d’un mécanisme juridique et administratif important pour les agents publics, car il influence le traitement perçu lors d’une absence pour raison de santé.
Cet article explique ce qu’est le jour de carence, comment il s’applique, quelles sont les règles pour les différentes fonctions publiques (territoriale, d’État, hospitalière) et quelles exceptions existent.

Qu’est-ce que le jour de carence ?
Le jour de carence est un jour non payé au début d’un arrêt de travail pour maladie.
Concrètement, cela signifie que :
- Lors d’un arrêt maladie, l’agent ne perçoit pas de traitement pour le premier jour d’absence.
- La retenue s’applique quel que soit le motif médical (sauf exceptions spécifiques prévues par la réglementation).
Ce mécanisme vise à limiter les absences courtes non justifiées.
Comment fonctionne le jour de carence dans la fonction publique ?
Application générale
Dans la fonction publique, le jour de carence s’applique à tous les agents titulaires, stagiaires ou contractuels, sauf exceptions légales ou réglementaires.
La journée de carence s’impute sur les jours de traitement versés par l’employeur public.
Elle concerne les arrêts de maladie simples et non liés à un accident de travail ou maladie professionnelle.
Exemple concret
Un agent qui produit un arrêt maladie de 5 jours verra :
- le premier jour considéré comme jour de carence
- les 4 jours suivants indemnisés normalement
La retenue s’effectue sur le traitement ou la rémunération du mois concerné.
Est-ce que tous les agents publics sont concernés ?
Oui, en principe.
Le jour de carence s’applique dans les trois fonctions publiques :
- fonction publique territoriale
- fonction publique d’État
- fonction publique hospitalière
Cependant, des dérogations peuvent s’appliquer selon la situation médicale ou la catégorie d’agent.
Quelles sont les exceptions au jour de carence ?
1. Accident du travail ou maladie professionnelle
Dans ce cas, le jour de carence ne s’applique pas.
L’agent bénéficie d’un maintien de traitement dès le premier jour.
2. Arrêts liés à une maternité ou à un accident médical grave
Certains cas médicaux spécifiques peuvent permettre de faire sauter le jour de carence, selon les règles en vigueur et après avis médical.
3. Dispositions locales ou accords internes
Dans certaines collectivités ou établissements, des accords internes peuvent aménager des règles plus favorables pour certains agents. Il convient de se référer au règlement intérieur ou aux textes applicables.
Comment est-il calculé ?
Le calcul du jour de carence est simple :
- il s’agit d’un seul jour non rémunéré par période d’arrêt maladie.
- si plusieurs arrêts maladie se succèdent sans interruption, un seul jour de carence est retenu.
- si les arrêts sont séparés par une reprise effective du travail, un nouveau jour de carence peut s’appliquer.
Textes de référence
Les règles concernant le jour de carence sont prévues par des dispositions légales et réglementaires :
- Code général de la fonction publique
- Textes applicables à chaque versant de la fonction publique
- Instructions administratives spécifiques
Les textes officiels sont consultables sur legifrance.gouv.fr ou via les ressources officielles.
Questions fréquentes sur le jour de carence dans la fonction publique
Le jour de carence est-il obligatoire dans la fonction publique ?
Oui.
Le jour de carence est prévu par les textes applicables aux agents publics. Il s’applique en cas d’arrêt maladie ordinaire, sauf exceptions spécifiques prévues par la réglementation.
Il concerne les trois versants de la fonction publique : territoriale, d’État et hospitalière.
Combien de jours de carence sont appliqués en cas d’arrêt maladie ?
Un seul jour de carence est appliqué par arrêt maladie.
Si plusieurs arrêts se succèdent sans reprise effective du travail, un seul jour est retenu. En revanche, si l’agent reprend son activité puis s’arrête de nouveau, un nouveau jour de carence peut être appliqué.
Le jour de carence s’applique-t-il aux contractuels ?
Oui.
Les agents contractuels de droit public sont également concernés par le jour de carence, dans les mêmes conditions que les agents titulaires.
Les modalités précises peuvent toutefois dépendre de leur statut et de leur ancienneté.
Y a-t-il un jour de carence en cas d’accident du travail ?
Non.
En cas d’accident de service ou de maladie professionnelle reconnue, le jour de carence ne s’applique pas. L’agent bénéficie d’un maintien de traitement dès le premier jour d’arrêt.
Le jour de carence s’applique-t-il en cas de congé longue maladie ou longue durée ?
En principe, le jour de carence concerne les arrêts maladie ordinaires.
Pour les congés longue maladie (CLM) ou congés longue durée (CLD), les règles spécifiques prévues par les textes s’appliquent. Il convient de vérifier la situation individuelle auprès du service des ressources humaines.
Comment est calculée la retenue liée au jour de carence ?
La retenue correspond à une journée de traitement indiciaire brut, ainsi qu’aux primes liées à la présence effective si elles sont concernées.
Le calcul est effectué par l’administration sur la rémunération du mois concerné.
Le jour de carence s’applique-t-il à chaque arrêt maladie ?
Oui, sauf si les arrêts sont continus sans reprise du travail.
Chaque nouvel arrêt distinct peut entraîner l’application d’un nouveau jour de carence.
Peut-on être dispensé du jour de carence ?
Certaines situations peuvent ouvrir droit à une dispense :
- Accident de service
- Maladie professionnelle
- Cas spécifiques prévus par les textes
La dispense doit être justifiée et reconnue par l’administration.
Pourquoi le jour de carence existe-t-il ?
Le jour de carence a été instauré afin d’harmoniser les règles entre secteurs public et privé et de responsabiliser les arrêts de courte durée.
Il s’inscrit dans une logique de gestion des absences au sein des administrations publiques.
Le jour de carence impacte-t-il les primes ?
Cela dépend du régime indemnitaire applicable.
Certaines primes liées à la présence effective peuvent être impactées. Les modalités varient selon l’administration et le statut de l’agent.