Indemnités de coordination - autres

Bonjour, suite à l’épuisement de mes congés maladie ordinaire j’ai été mise temporairement en disponibilité en attente de là décision du comité médical CIG je suis agent territorial. Le comité médical a statué et m’a collectivité va donc régulariser ma situation administrative. Est ce que cette indemnité de coordination m’était acquise sans retenue ou est ce qu’à la régularisation elle sera déduite de mes salaires? Car on m’avait dit qu’elle était acquise et que l’on repartirait de zéro et aujourd’hui on me dit que non il faut la considérer comme un acompte sur salaire ! Or une indemnité n’étant pas un salaire ne se déclare pas non plus aux impôts ? Merci pour votre retour.