Congés payés suite à maladie professionnelle imputable au service - congés

Dans la fonction publique territoriale, le CITIS (congé pour invalidité temporaire imputable au service) est une position liée à un accident ou une maladie imputable au service. Les règles applicables aux congés annuels et à une éventuelle indemnisation dépendent surtout de deux éléments : la possibilité (ou non) de prendre les congés, et la situation au moment de la radiation des cadres (ici, retraite pour invalidité).

1) Paiement des congés annuels non pris pendant le CITIS

### Principe général

Dans la fonction publique, les congés annuels sont faits pour être pris. Ils ne sont pas, en principe, “payés” en cours de carrière.

### Exception : indemnisation à la fin de la relation de travail

Une indemnisation des congés annuels non pris peut exister au moment de la radiation des cadres (départ définitif), lorsque l’agent n’a pas pu prendre ses congés pour des raisons liées à son état de santé / à une absence reconnue, et qu’il n’a donc plus matériellement la possibilité de les prendre.

En pratique, l’administration regarde :

• si des droits à congés annuels ont été acquis,
• si les congés ont été impossibles à prendre,
• et la période concernée (il peut exister des limites de report / de conservation selon les textes et la situation).

### Ce que cela implique pour votre cas (CITIS depuis 06/2021, reconnaissance rétroactive en 09/2025)

• La question du paiement ne se pose généralement qu’au moment de la radiation des cadres (retraite pour invalidité).
• Le fait que le CITIS ait été reconnu rétroactivement peut conduire l’employeur à reconstituer la situation administrative (droits, positions, etc.) sur la période, mais l’étendue exacte (quels congés sont “rattrapables”, reportables ou indemnisables) dépend des règles applicables et de la manière dont la collectivité a suivi vos compteurs.

Il n’est donc pas possible d’affirmer, sans les éléments de votre dossier et sans le cadre exact appliqué par votre employeur, si l’indemnisation porterait sur toute la période depuis 2021 ou seulement sur une période plus récente.

2) Année 2026 : “uniquement sur 2026” ?

Si vous êtes toujours en position d’activité/absence statutaire en 2026 et que la radiation des cadres n’est pas intervenue, il n’y a pas de règle générale prévoyant un paiement automatique des congés sur 2026. L’indemnisation, lorsqu’elle existe, est plutôt liée à la fin de fonctions (radiation des cadres).

3) Compte épargne-temps (CET)

Le CET obéit à des règles spécifiques (alimentation, consommation, indemnisation éventuelle, etc.) fixées par les textes et par la collectivité. Selon les cas, il peut exister des possibilités à la sortie (utilisation, indemnisation, etc.), mais cela dépend de votre situation et des délibérations/paramétrages de votre employeur. Vous indiquez qu’il est “perdu” : cette conclusion peut être exacte dans certains cas, mais elle doit être vérifiée à partir de votre solde CET, des règles locales et de votre date de radiation.

4) Références utiles (officielles / institutionnelles)

• Fiches et dossiers pratiques sur la fonction publique territoriale : Emploi-Collectivités (blog) https://www.emploi-collectivites.fr/blog-territorial.htm
• Textes et recherche juridique : Légifrance https://www.legifrance.gouv.fr
• Informations administratives générales : Service-Public.fr https://www.service-public.fr

5) Points de vigilance

• Une indemnisation éventuelle des congés annuels non pris se traite le plus souvent au moment de la retraite (radiation des cadres), pas au moment de la mise en CITIS.
• La reconnaissance rétroactive peut modifier les compteurs, mais l’impact exact dépend de votre dossier individuel (droits acquis, reports, décisions de la collectivité, et pièces médicales/administratives).

Pour une réponse certaine, l’élément déterminant est la reconstitution de vos droits à congés annuels depuis 06/2021 (y compris après reclasse